Restano molti dubbi sull'origine del nome, poiché non sembra plausibile l'interpretazione che farebbe derivare Argentario da argento, con riferimento alla famiglia dei grandi banchieri Domizi Enobarbi che nella zona avevano molte proprietà. Numerosi ritrovamenti dimostrano che l'Argentario era abitato già in epoca antichissima e gli Etruschi sicuramente lo frequentarono, anche se la totale assenza di ritrovamenti legati alla loro civiltà fa supporre che gli attribuissero scarso peso economico e strategico.

Furono i Romani dunque i primi a colonizzare stabilmente l'Argentario e le numerose ville patrizie erette a Santa Liberata, Poggio alle Forche, Sgalera, Pozzarello, Cala dei Pozzoni, Torre Cavello e a Le Piane dimostrano che già gli aristocratici romani si lasciavano sedurre dal fascino selvaggio della costa d'argento e dal suo mare limpido. Dopo il crollo dell'impero romano, l'Argentario decadde riducendosi ad un borgo di pescatori fino all'arrivo dei pisani prima e dei senesi poi. Furono proprio i signori di Pisa e Siena a fortificare l'Argentario per difenderlo dalle incursioni dei pirati ed è a loro che si deve la costruzione dei due porti principali dell'isolotto, Porto Ercole e Porto Santo Stefano. Le opere di fortificazione dell'Argentario proseguirono anche dopo la caduta di Siena, quando entrò a far parte dello Stato dei Presidi spagnoli: i governatori locali fecero costruire i bastioni che ancora oggi circondano gli approdi di Porto Ercole e Porto Santo Stefano.